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数十年来，樊崇义从未停止过对司法正义的探索。“法治的最高层次是一种信念，应该是对于人的价值的尊敬。”他一直认为，法律应实践出这样的人文理想：每一个人都应该受到尊重和关怀，法治的本质就是无差别性、平等性和彻底性，“法治绝不是对一部分人讲，而对另一部分人不讲；不是想讲就讲，不想讲就不讲；不是有时候讲有时候就不讲；不是有些事讲有些事就不讲”。

学院复办后，樊崇义回校担任刑事诉讼法教研室主任，讲授“刑事诉讼法学”“证据学”“刑事诉讼法专论”“俄罗斯独联体刑事诉讼”等课程。1992年，樊崇义被评为教授WWW.8006034,COM，1995年被聘为博士生导师，由他主持和领导的刑事诉讼教研室于1998年被评为先进教研室。1998年任北京市政协委员，并被任命为北京市政协学习民主会委员。1999年享受国务院政府特殊津贴。2002年被评为北京创新标兵。2005年被北京市政府授予先进工作者称号。2009年入选首批“当代中国法学名家”。

在法学基础理论研究方面，樊崇义曾带领团队走在了全国同行的最前沿，贡献有口皆碑。他重视诉讼基础理论研究，申报的“诉讼原理研究”获批教育部重大课题项目，最终结项成果被教育部推荐适用于全国研究生教材。他还率先出版了《部门法学哲理化》和《刑事诉讼法哲理思维》两部专著，引领诉讼法学的研究向诉讼认识论、诉讼价值论、诉讼人本论、诉讼实证论等法哲学的深度发展。

不过，即使法律有明确规定，但“无罪推定”在司法实践却仍然面临困境。樊崇义认为，这一制度实施之难，难在“无罪推定”与“有罪推定”的博弈，难在“疑罪从无”的司法理性能否回归，即能否坚守“疑罪从无”的底线标准，“我们必须在依法治国的指引下，一要通过立法使底线标准形成制度；二要在制度的后面促进诉讼文化的形成”。

这一次，樊崇义继续着重建议立法者应认真思考律师在场、沉默权等制度入法的问题。他说，从我国刑诉法的产生到立法，从“拨乱反正，有法可依”到“无罪推定、疑罪从无”引进法典，再到尊重和保障人权的确立、认罪认罚从宽制度的引入，刑辩律师参与诉讼的程度、承担的任务、在诉讼中的地位不断得到巩固、加强和扩大，“律师到场制度、沉默权等要不要引入法典，这要认真思考”。

“这里边有司法的优越感，有对公众期待的误解，从最本质上还是对法治精神的理解不够透彻。”樊崇义认为，我们的观念还是有一些禁区，还是把被告人当作“坏人”，我们在考虑一些案件处理方式的时候用的不是法治思维，没有将法治的精神平等适用于每一个人，“认罪认罚从宽制度不仅是司法机关的权力，也是被告人的权利，司法机关也要通过展现司法善意，激发被告人尚未泯灭的良知，助其回归社会”。

此外，无罪认定所面临的困境更大。“虽然以审判为中心的诉讼制度改革推进很久，但很多法官还是逃脱不了无罪恐惧论，庭审实质化也没有得到真正地落实。”樊崇义认为WWW.8006034,COM，虽然有了司法责任制，但对基层检察官、法官仍不放心放权，以为放权就容易滥权，殊不知这反而增加了腐败的成本，“这还是一种法治禁区的观念，还是传统的行政管理和思维惯性，突破了这些禁区，司法改革才能走出深水区”。

刑事司法实践中轻罪居多已成常态，迫切需要转变以重罪为主的司法理念，并对轻罪案件采取差别化治理方式。樊崇义直言，在犯罪治理上，不区分重罪、轻罪，简单的“一刀切”，其效果不好，“特别是在一些轻罪治理上，出现了附随的行政处罚及其后果，可能重于刑罚处罚本身，导致了刑事制裁力度的外溢，甚至制造了社会对立面”。

随着制度入法，在轻罪案件的内部结构中，认罪认罚案件占据了绝大多数。此后，《关于适用认罪认罚从宽制度的指导意见》规定：“人民检察院提出量刑建议前，应当充分听取犯罪嫌疑人、辩护人或者值班律师的意见，尽量协商一致。”这一规定从立法层面开启了“刑事协商”制度的适用和研究。樊崇义说，如何科学进行量刑协商、精准提出量刑建议并使其具有正当性，是接下来的办案重心，“检察机关处于主导地位，应提出精准、科学的量刑建议；人民法院基于以审判为中心的要求，应当对量刑建议予以审查”。