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董怡终生致力于提高我国风湿病的早期诊断水平，积极探索自身抗体谱检测体系建立及临床应用，为系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征等疾病的诊断和治疗提供了有力的支持。她参与的风湿病研究工作曾获国家科技进步奖、卫生部科技进步奖及北京市科技进步奖。董怡是我国干燥综合征研究的开拓者和倡导者，提出了我国首个干燥综合征诊断标准，并与国际同行一起组织了干燥综合征的国际多中心研究-SICCA项目，参与制订了干燥综合征国际分类标准。她还主编了专著《干燥综合征》，为干燥综合征在我国认识普及、深入研究和国际交流作出了突出贡献。